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SHAPE（Selective 2'-Hydroxyl Acylation and Primer Extension）試薬は、イサト酸無水物をベースに開発された、RNAにおける局所的なヌクレオチドのダイナミクスの解析に用いられる試薬です。内部塩基対を形成していないRNAバックボーン（糖リン酸骨格）のリボース 2'-ヒドロキシ基を選択的にアシル化することによってヌクレオチド残基が修飾され、プライマー伸長またはエキソリボヌクレアーゼ消化からの保護により不対塩基の検出が可能です。
同様のRNAの高次構造解析を目的として用いられる塩基特異的プローブと異なり、SHAPE試薬を含むジェネラリストプローブは、RNAバックボーンと反応するためすべてのヌクレオチドを同時にモニタリングできます。
弊社では、SHAPE試薬として従来から用いられているN-Methylisatoic Anhydride（製品コード：M0743）を始めとして、特徴の異なる6製品をラインナップしています。
製品
各SHAPE試薬の特徴
| SHAPE試薬 | 半減期 | 特徴 |
|---|---|---|
| N-Methylisatoic Anhydride (= NMIA) | 430 sec. | SHAPE試薬として広く用いられます。 細胞内RNAの修飾には不向きです1)。 |
| 1-Methyl-7-nitroisatoic Anhydride (= 1M7) | 14 sec. | SHAPE試薬として広く用いられます。 ヌクレオチドバイアスが低いです。 他のSHAPE試薬と比較してin vivoよりもin vitroの使用に適しています2)。 |
| 1-Methyl-6-nitroisatoic Anhydride (= 1M6) | 31 sec. | 1M7と同様に汎用性が高く、cell freeでのアッセイに適します。 NMIAよりも迅速な反応性を有します3)。 |
| 5-Nitroisatoic Anhydride (= 5NIA) | ~100 sec. | 生細胞内のRNAの修飾に適します2)。 |
| Benzoyl Cyanide (= BzCN) | 0.25 sec. | 反応速度が高く、加水分解により急速に不活性化されるため、秒単位でRNAフォールディングを追跡するために有用です4)。 |
| N-Acetylimidazole (= AcIm) | 3-30 min. | 最小のアセチル付加物を生じます。 2-Methylnicotinic Acid Imidazolide (= NAI)よりも反応速度が高いとの報告があります。 nanoSHAPEにおいて、他のSHAPEプローブよりも長いRNAの構造プロファイリングに適します5,6)。 |
※報告された論文により測定条件は異なります。
引用文献
- 1) RNA Structure Analysis at Single Nucleotide Resolution by Selective 2'-Hydroxyl Acylation and Primer Extension (SHAPE)
- 2) Guidelines for SHAPE Reagent Choice and Detection Strategy for RNA Structure Probing Studies
- 3) Fingerprinting Noncanonical and Tertiary RNA Structures by Differential SHAPE Reactivity
- 4) Time-Resolved RNA SHAPE Chemistry
- 5) Direct detection of RNA modifications and structure using single-molecule nanopore sequencing
- 6) Polyacetate and Polycarbonate RNA: Acylating Reagents and Properties
