アガロースゲル電気泳動に用いられるDNA染色剤

アガロースゲルを使用した電気泳動はDNAを分離・分析する方法として広く使われています。DNAを構成するヌクレオチドはリン酸基により負の電荷を帯びています。そのため、アガロースゲルにDNA試料を添加し、電気を流すとDNAは陽極側に引き寄せられて移動していきます。アガロースゲルの網の目の隙間をDNAが移動する際に、分子量の大きな長い分子は移動速度が遅く、小さいものは速く移動します。この原理を利用してDNAを分子の大きさで分離する方法がアガロースゲル電気泳動です¹⁾。エチジウムブロミドはアガロースゲルの染色剤として広く利用されており、高感度にDNAを検出することができます²⁾。しかし、発がん性をもつこと¹⁾やUVトランスイルミネーターなどの専用の検出器が必要といった問題点があります。エチジウムブロミド (0.5mg/mL水溶液)は調製済みの臭化エチジウム溶液がスポイトボトルに入っているため、安全かつ簡単に染色液を調製できます。また、10X 核酸ステインブルーはDNAを青色に染色するため、専用の検出器がなくてもDNAを検出できます。

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引用文献

• 1) Agarose Gel Electrophoresis for the Separation of DNA Fragments
  • P. Y. Lee, J. Costumbrado, C.-Y. Hsu, Y. H. Kim, J. Vis. Exp. 2012, 62, 3923.
• 2) Detection of DNA in Agarose Gels
  • J. F. Sambrook, D. W. Russell, in Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 2001, vol 1, Chap. 5, 14.

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